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NOAA研究人員構(gòu)建了第一個白鯨血液轉(zhuǎn)錄組
行業(yè)新聞 2018-12-12

  評估海洋哺乳動物哨兵物種的健康狀況對于了解環(huán)境擾動對海洋生態(tài)系統(tǒng)和人類健康的影響至關重要。在北極地區(qū),白鯨(Delphinapterus leucas)是高等級捕食者,可能作為哨兵物種,可能預測對人類健康的影響。雖然血液轉(zhuǎn)錄組的基因表達譜已被廣泛用于評估人類和獸醫(yī)的健康狀況和環(huán)境暴露,但由于缺乏可用的基因組和基線數(shù)據(jù),其在野生動物中的應用受到限制。

NOAA研究人員構(gòu)建了第一個白鯨血液轉(zhuǎn)錄組
 

  為此,國家沿海海洋科學中心的研究人員在2012 - 2014年期間,在健康的布里斯托爾灣,AK庫存的年度健康評估期間收集的樣本中構(gòu)建了第一個白鯨鯨血液轉(zhuǎn)錄組,以建立白鯨血液轉(zhuǎn)錄組的含量和變異的基線信息。來自白鯨的Trinity轉(zhuǎn)錄組裝配由91,325個轉(zhuǎn)錄本組成,代表了廣泛的細胞功能和過程,其內(nèi)容與另一種鯨類海豚的血液轉(zhuǎn)錄組非常相似。白鯨(25%TPM,每百萬轉(zhuǎn)錄本)的血紅蛋白轉(zhuǎn)錄物表達低于許多其他哺乳動物。已鑒定出白鯨的HBB序列中的T12A氨基酸取代,但不是寬吻海豚,并且可能在低溫適應中起作用。

  白癜風血液轉(zhuǎn)錄組在性別和年份之間極其穩(wěn)定,通過主成分分析沒有明顯的樣本聚類,<4%的基因差異表達(EBseq,F(xiàn)DR <0.05)。雖然必須建立季節(jié),性成熟,疾病和地理對白鯨血液轉(zhuǎn)錄組的影響,但涉及壓力,解毒和免疫功能的轉(zhuǎn)錄物的存在表明血液基因表達分析可提供有關健康狀況和暴露的信息。本研究提供了大量關于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進行比較。4%的基因差異表達(EBseq,F(xiàn)DR <0.05)。雖然必須建立季節(jié),性成熟,疾病和地理對白鯨血液轉(zhuǎn)錄組的影響,但涉及壓力,解毒和免疫功能的轉(zhuǎn)錄物的存在表明血液基因表達分析可提供有關健康狀況和暴露的信息。

NOAA研究人員構(gòu)建了第一個白鯨血液轉(zhuǎn)錄組

  本研究提供了大量關于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進行比較。4%的基因差異表達(EBseq,F(xiàn)DR <0.05)。雖然必須建立季節(jié),性成熟,疾病和地理對白鯨血液轉(zhuǎn)錄組的影響,但涉及壓力,解毒和免疫功能的轉(zhuǎn)錄物的存在表明血液基因表達分析可提供有關健康狀況和暴露的信息。本研究提供了大量關于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進行比較。和免疫功能表明,血液基因表達分析可以提供有關健康狀況和暴露的信息。本研究提供了大量關于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進行比較。和免疫功能表明,血液基因表達分析可以提供有關健康狀況和暴露的信息。

  本研究提供了大量關于白鯨的轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),并提供了大量初步數(shù)據(jù),以便與白鯨的其他研究進行比較。

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