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中國大sa(Andrias davidianus)的測序和從頭轉(zhuǎn)錄組裝配
行業(yè)新聞 2018-12-14

  用于確定基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)組成的下一代技術(shù)具有廣泛的應(yīng)用。Andrias davidianus,已成為中國瀕臨滅絕的兩棲蠑螈物種。但是,缺乏分子信息。

  在這項(xiàng)研究中,來自河南科技大學(xué)的研究人員使用Illumina HiSeq 2500平臺從A. davidianus組織中獲得了RNA-Seq數(shù)據(jù),包括脾臟,肝臟,肌肉,腎臟,皮膚,睪丸,腸道和心臟。共獲得15,398,997,600bp,相當(dāng)于102,659,984個(gè)原始讀數(shù)。在去除低質(zhì)量讀取和修剪適配器序列后,總共102,??659,984個(gè)讀取被過濾。

中國大sa(Andrias davidianus)的測序和從頭轉(zhuǎn)錄組裝配

  在三位一體該程序用于從頭組裝132,912個(gè)unigenes,平均長度為690bp,N50為1263bp。Unigenes通過多個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋。這些A. davidianus的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)應(yīng)該打開分子進(jìn)化研究的大門,這些研究基于整個(gè)轉(zhuǎn)錄組或目標(biāo)基因序列。

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